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Schulung BLAST: Grundlagen und Techniken zur bioinformatischen Analyse
Effiziente Sequenzanalyse und Datenbankabfragen
Schulungsformen
Inhouse-/Firmenschulung
- 3 Tage - anpassbar
- Termin nach Wunsch
- Preis nach Angebot
- In Ihrem Hause oder bei der GFU
- Online, Präsenz oder Hybrid
- Lernumgebung in der Cloud
Individualschulung
- 3 Tage - anpassbar
- Termin nach Wunsch
- Preis nach Angebot
- In Ihrem Hause oder bei der GFU
- Online, Präsenz oder Hybrid
- Lernumgebung in der Cloud
Beschreibung
In diesem Seminar lernen die Teilnehmenden die grundlegenden und fortgeschrittenen Techniken zur Nutzung von BLAST für die bioinformatische Sequenzanalyse kennen. Der Fokus liegt auf der Erstellung, Optimierung und Analyse von Sequenzsuchen sowie der Integration moderner Technologien, einschließlich Scripting und Automatisierung. Die Teilnehmer werden sich mit den grundlegenden und erweiterten Tools von BLAST vertraut machen und durch praxisorientierte Übungen die erlernten Konzepte anwenden.
Schulungsziel
Am Ende des Seminars sind die Teilnehmenden in der Lage, BLAST effektiv zu nutzen, um Sequenzanalysen durchzuführen, zu optimieren und zu analysieren. Sie lernen, wie sie die Effizienz und Qualität ihrer bioinformatischen Analysen verbessern können.
Details
Wer teilnehmen sollte
Dieses Seminar richtet sich an Bioinformatiker, Molekularbiologen, Genetiker und technische Fachkräfte, die ihre Kenntnisse im Einsatz von BLAST für die Sequenzanalyse vertiefen und optimieren möchten. Grundlegende Kenntnisse in Bioinformatik und molekularer Biologie sind erforderlich.
Ihre Schulung
Präsenz-Schulung | Online-Schulung |
|---|---|
| Lernmethode | |
Ausgewogene Mischung aus Theorie und Praxis | Wie auch bei unseren Präsenz-Seminaren: Ausgewogene Mischung aus Theorie und praktischen Übungen. Trainer durchgehend präsent. |
| Unterlagen | |
Seminarunterlagen oder Fachbuch inklusive. Das Fachbuch wählt der Trainer passend zum Seminar aus - Ihren individuellen Buch-Wunsch berücksichtigen wir auf Nachfrage gerne. | Seminarunterlagen oder Fachbuch inklusive (per Post). Das Fachbuch wählt der Trainer passend zum Seminar aus - Ihren individuellen Buch-Wunsch berücksichtigen wir auf Nachfrage gerne. |
| Arbeitsplatz | |
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| Lernumgebung | |
Neu aufgesetzte Remote-Systeme für jeden Kurs in Abstimmung mit dem Seminarleiter, sodass Sie über ein perfektes Setup für die Durchführung aller praktischen Übungen verfügen. | |
| Arbeitsmaterialien | |
Din A4 Block, Notizblock, Kugelschreiber, USB-Stick, Textmarker, Post-its | |
| Teilnahmezertifikat | |
Die Teilnahmezertifikat inkl. Inhaltsverzeichnis wird Ihnen am Ende des Seminars ausgehändigt. | Die Teilnahmezertifikat inkl. Inhaltsverzeichnis wird Ihnen per Post zugesandt. |
Organisation
Präsenz-Schulung | Online-Schulung | |
|---|---|---|
| Teilnehmendenzahl | ||
min. 1, max. 8 Personen | ||
| Garantierte Durchführung * | ||
Ab 1 Teilnehmenden | ||
| Schulungszeiten | ||
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| Ort der Schulung | ||
 GFU SchulungszentrumAm Grauen Stein 27 51105 Köln-Deutz oder online im Virtual Classroom oder europaweit bei Ihnen als Inhouse-Schulung Um ein optimales Raumklima zu gewährleisten, haben wir das Schulungszentrum mit 17 hochmodernen Trotec TAC V+ Luftreinigern ausgestattet. Diese innovative Filtertechnologie (H14 zertifiziert nach DIN EN1822) sorgt dafür, dass die Raumluft mehrfach pro Stunde umgewälzt wird und Schadstoffe zu 99.995% im HEPA-Filter abgeschieden und infektiöse Aerosole abgetötet werden. Zusätzlich sind alle Räume mit CO2-Ampeln ausgestattet, um jederzeit eine hervorragende Luftqualität sicherzustellen. | ||
| Räumlichkeiten | ||
Helle und modern ausgestattete Räume mit perfekter Infrastruktur | Bequem aus dem Homeoffice von überall | |
| All-Inclusive | ||
Frühstück, Snacks und Getränke ganztägig, Mittagessen im eigenen Restaurant, täglich 6 Menüs, auch vegetarisch | Eine Auswahl unserer Frühstücks-Snacks und Nervennahrungs-Highlights senden wir Ihnen mit den Seminarunterlagen per Post zu. | |
| Barrierefreiheit | ||
Das GFU-Schulungszentrum (Am Grauen Stein 27) ist barrierefrei | - | |
Kostenfreie Services
Präsenz-Schulung | Online-Schulung |
|---|---|
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Inhalt
- Ziele und Erwartungen der Teilnehmenden
- Klärung individueller Lernziele und Erwartungen, um das Seminar so praxisnah und relevant wie möglich zu gestalten
- Was ist BLAST und warum ist es wichtig?
- Definition und Hintergrund: Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) zur Sequenzanalyse.
- Bedeutung und Vorteile: Schnellere und genauere Erkennung von Sequenzähnlichkeiten, weit verbreitet in der Bioinformatik.
- Vergleich mit ähnlichen Tools: Unterschiede und Vorteile gegenüber FASTA, HMMER und anderen Alignment-Tools.
- Installation und Konfiguration
- Systemanforderungen und unterstützte Plattformen: Hardware- und Softwarevoraussetzungen.
- Installation von BLAST: Schritt-für-Schritt-Anleitung für lokale Installation und Nutzung auf NCBI.
- Erste Konfiguration: Einrichtung der Arbeitsumgebung, Datenbankauswahl und -vorbereitung.
- Basis-Funktionen und Benutzeroberfläche
- Einführung in die BLAST-Benutzeroberfläche: Navigationsmenü, Arbeitsbereich, Werkzeuge.
- Durchführung einfacher BLAST-Suchen: BLASTn, BLASTp, BLASTx, TBLASTn, TBLASTx.
- Interpretation der Ergebnisse: Lesen und Verstehen der BLAST-Berichte.
- Einfache Sequenzsuchen und Analysen
- Vorbereitung der Eingabedaten: Formatierung und Bereitstellung von FASTA-Dateien.
- Durchführung von Sequenzsuchen: Auswahl geeigneter BLAST-Programme und Parameter.
- Analyse der Ergebnisse: Homologie, Identität, E-Wert, Scores.
- Ziel der Übung: Anwendung der erlernten Techniken zur Installation und Grundkonfiguration von BLAST.
- Projektbeschreibung: Teilnehmer installieren BLAST lokal oder nutzen NCBI BLAST und führen eine erste Sequenzsuche durch.
- Anforderungen: Nutzung der grundlegenden Funktionen und Vorlagen von BLAST.
- Schritt-für-Schritt-Anleitung:
- Vorbereitung: Einführung in die Projektanforderungen, Einrichtung der Umgebung.
- Durchführung: Installation von BLAST, Import und Vorbereitung der Eingabedaten, Durchführung einer Sequenzsuche.
- Präsentation: Vorstellung der Ergebnisse durch die Teilnehmer.
- Tools: BLAST, NCBI BLAST, Texteditor oder integrierte Entwicklungsumgebung (IDE).
- Ergebnisse und Präsentation:
- Präsentation der installierten und konfigurierten BLAST-Umgebung und der ersten Sequenzanalyse.
- Diskussion und Feedback: Analyse der Ergebnisse und Verbesserungsvorschläge.
- Erweiterte Parameter und Einstellungen
- Feinabstimmung der Suchparameter: Anpassung von E-Wert, Substitutionsmatrix, Gap-Kosten.
- Nutzung spezialisierter BLAST-Programme: PSI-BLAST, PHI-BLAST, Delta-BLAST.
- Erstellung und Nutzung von benutzerdefinierten Datenbanken: Aufbau und Verwaltung lokaler BLAST-Datenbanken.
- Integration mit bioinformatischen Tools
- Anbindung an Datenbanken: Nutzung von GenBank, UniProt, PDB und anderen Ressourcen.
- Datenmanagement und -synchronisierung: Verwaltung von Datenflüssen und -integrität.
- Datenschutz und Compliance: Einhaltung von Datenschutzbestimmungen und Sicherheitsstandards.
- Automatisierung von BLAST-Suchen und Analysen
- Einführung in die BLAST-Skriptsprache: Grundlagen und Syntax.
- Erstellung von Skripten zur Automatisierung: Python, Perl, R.
- Erweiterte Scripting-Techniken: Schleifen, Bedingungen, benutzerdefinierte Funktionen.
- Überwachung und Fehlersuche
- Überwachung und Analyse der Suchleistung: Nutzung von Dashboards und Berichten.
- Protokollierung und Fehlersuche: Methoden zur Fehleranalyse und -behebung.
- Optimierung von BLAST-Suchen: Durchführung von Tests, Analyse der Ergebnisse, kontinuierliche Verbesserung.
- Ziel der Übung: Anwendung der erlernten Techniken zur Erstellung und Automatisierung komplexer BLAST-Suchen.
- Projektbeschreibung: Teilnehmer erstellen und automatisieren komplexe BLAST-Suchen und analysieren die Ergebnisse.
- Anforderungen: Nutzung der erweiterten Funktionen und Scripting-Tools von BLAST.
- Schritt-für-Schritt-Anleitung:
- Vorbereitung: Einführung in die Projektanforderungen, Einrichtung der Umgebung.
- Durchführung: Erstellung der Suchabfragen, Integration von Skripten, Analyse der Ergebnisse.
- Präsentation: Vorstellung der Ergebnisse durch die Teilnehmer.
- Tools: BLAST, NCBI BLAST, Python, Jupyter Notebook.
- Ergebnisse und Präsentation:
- Präsentation der erstellten BLAST-Suchen und der durchgeführten Automatisierungen.
- Diskussion und Feedback: Analyse der Ergebnisse und Verbesserungsvorschläge.
Buchungsmöglichkeiten
Online oder in Präsenz teilnehmen
Sie können sowohl Online als auch in Präsenz am Seminar teilnehmen. Klicken Sie bei Ihrer Buchung oder Anfrage einfach die entsprechende Option an.
Inhalte werden auf Wunsch an die Anforderungen Ihres Teams angepasst.
- Online, Präsenz oder Hybrid
- Komplette Lernumgebung in der Cloud mit Remote Zugriff
Fokus aufs Fachliche und maximaler Raum für individuelle Fragen.
- Online, Präsenz oder Hybrid
- Komplette Lernumgebung in der Cloud mit Remote Zugriff
Was bedeutet Offene Schulung und Inhouse Schulung?
Bei einer offenen Schulung stehen Ort und Termin vorab fest. Jeder Interessent kann eine offene Schulung buchen, daher treffen Teilnehmer aus verschiedenen Unternehmen aufeinander.
Inhouse Schulungen können auf Ihren individuellen Schulungsbedarf zugeschnitten werden. Sie bestimmen den Teilnehmerkreis, Termin und Schulungsort.
Ist eine Inhouse Schulung die richtige Wahl?
Bei einer Inhouse Schulung gehen wir auf die individuellen Bedürfnisse Ihres Unternehmens ein und decken den Schulungsbedarf direkt bei Ihnen im Unternehmen ab.
Das spart Zeit und Geld und sorgt für einen schnellen Wissenstransfer Ihrer Mitarbeiter.
Wer kümmert sich um die Technik bei Inhouse Schulungen?
Eine komplette Lernumgebung in der Cloud mit Remote Zugriff ist für uns selbstverständlich. Sie müssen sich um nichts kümmern. Lediglich ein funktionierender PC oder Notebook mit Internetanschluss sollte für jeden Teilnehmer am Schulungstag bereit stehen.
Vorteile einer Inhouse Schulung
- Kompetente Seminarberatung
- Dozenten aus der Praxis
- Auf Ihre Bedürfnisse zugeschnittener individueller Lernstoff
- Sie können den Termin flexibel gestalten, so wie es für Sie am besten passt
- Unsere Inhouse Schulungen können Europaweit durchgeführt werden
- Der Fokus liegt auf Ihrem Schulungsbedarf, somit schonen Sie Ihr Budget
- Wissenslücken Ihrer Mitarbeitet werden schnell geschlossen